大家知道TCGA和GEO是两大最知名的公共数据库,但这2个数据库也有一些数据不完整,比如儿童和血液肿瘤方向的样本就比较少。
而TARGET数据库就是针对儿童肿瘤的数据库,该数据库由 NCI’s Office of Cancer Genomics和Cancer Therapy Evaluation Program管理,主要疾病项目包括急淋ALL(Acute Lymphoblastic Leukemia), 急粒AML(Acute Myeloid Leukemia),肾肿瘤KT(KidneyTumors)神经母细胞瘤NBL(Neuroblastoma),骨肉瘤OS(Osteosarcoma)。
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为了满足大家的分析需求,我们近日更新上线了Target数据库,这里我们首先将TARGET数据库中芯片数据和RNA-seq数据分别进行整理,与TCGA、GEO一起成为临床生信之家的第三个数据库(言外之意很明白,还有第四个,第五个...)。
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点击首页第三个功能模块,进去可以发现,界面与TCGA界面的操作并不相同,左侧导航栏还是样本筛选区,但包含3部,第一步同样为"肿瘤选择"(tips:选择肿瘤需要先鼠标左键单击下是哪个样本框);这里我们通过下拉列表展示的7种肿瘤。
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第二步:数据集筛选,这里我们选择急性淋巴细胞性白血病(ALL),可以看到根据不同采样组织进行区分;进一步点开外周血可以看到又区分为芯片和RNA-seq以及不同阶段收集的样本情况。这里根据样本命名规则将数据区分为复发或非复发的数据。
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第三步:样本筛选,这里每个肿瘤收录的临床信息略有不同,当选择其中某项时候在右侧会弹出一个框,可根据展示内容进行勾选,各个条件之间是“且”的关系,最下面会有一个确定按钮,当样本筛选确定后点击即可收录到最开始所选的样本框中。
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到这里,样本就筛选好了,比如我要分析“急性淋巴细胞白血病外周血的转录组测序数据且样本年龄大于15岁,且x基因低表达”的样本,在这里就毫无压力。
选好样本后,接下来就可以进行相应功能分析了,功能模块与TCGA大致相同,这里我们就不做介绍了。
为”生信0代码”而生!
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