分析转移和原发的肺癌细胞系之间的基因差异怎么弄?

分析转移和原发的肺癌细胞系之间的基因差异怎么弄?
2021年06月23日 22:06 弗雷赛斯-freescience

基础研究时,我们经常要选择特定细胞系来进行实验,如果可以对细胞系的测序数据进行预先分析,那么分析数据既可以作为研究基础数据,也对课题方向大有帮助。

CCLE有癌症细胞系百科全书之称,它由美国Broad研究所、Dana-Farber癌症研究所和Novartis生物医学研究所合作完成,对覆盖三十多种组织来源的1000多种人类癌细胞系进行大规模深度测序。

近日,我们重整了CCLE数据,以CCLE plus的形式作为临床生信之家收录的第四个公开数据库,与TCGA、GEO和Target相同都是单独一个模块,如下图:

点开后可以看到功能目前主要是三大块:单病种、多病种和泛癌,肿瘤选择和样本过滤与Target模式相似。

比如想看下膀胱癌中TP53基因在各个细胞系样本中表达情况,我们首先选择单病种 -> 点击样本框 -> 肿瘤选择下拉列表中找到膀胱癌 -> 样本筛选 -> 最后点击确定。tips:肿瘤选择时鼠标放到相应肿瘤上会弹出一个方框,展示所有细胞系名称,左键点击可以跳转到该细胞系详细介绍页面。

细胞系筛选,比如我想筛选肺癌细胞系,转移的和肺转移的,如下可见,有原发primary的45个样本,有metastasis转移的有29个细胞系,然后分别选择进入样本框,再输入基因,就可以进行分析啦。

目前样本筛选可根据病理学、组织学、性别和细胞系来源来过滤。除了基因表达,还可以查看miRNA的表达和蛋白定量的情况。

这样,同一个样本基因,和蛋白如果变化是相反的,那一个表观调控的课题就有线索了呢。

多病种中的分析则类似于TCGA中多样本分析中的基因表达比较工具,不过在CCLE中不仅支持同一肿瘤间比较,还支持不同肿瘤间的互相比较。

最后就是泛癌工具,可以说是多病种plus版(多病种仅支持4组),这里可以观察某一基因在全部肿瘤细胞系中的分布情况。

那如果我通过以上已经找到某个细胞系了,比如K562,那我如何知道文献里和这个细胞系相关的基因和信号通路有哪些呢?

当然是用科研者之家的思路助手啦,扔进细胞系,直接出来973个基因,31条通路,然后点击基因或信号通路区,就可以看到相关文献详情啦

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