如何免费使用Cell算法分析肿瘤干性

如何免费使用Cell算法分析肿瘤干性
2021年07月31日 21:54 弗雷赛斯-freescience

干性被定义为从起源细胞自我更新和分化的潜力,最初归因于正常干细胞,这些干细胞具有在成年生物体中产生所有细胞类型的能力癌症干细胞 (CSC) 是具有与正常干细胞相关的特征的癌细胞,特别是具有产生所有肿瘤细胞类型的能力CSCs 被认为负责肿瘤的生长和维持,通常对常规化疗和放疗具有抗性,并参与肿瘤转移和复发。肿瘤由相对分化的肿瘤细胞、CSC、浸润性免疫细胞、肿瘤相关成纤维细胞和内皮细胞等多种细胞类型组成的多样化、复杂、整合的生态系统组成。

临床生信之家新上线了一个工具,使用了以下Cell文章中提供的逻辑回归机器学习算法 (OCLR) ,基于样本的转录组,计算干性指数来评估样本的干性程度。

进入临床生信之家官网,找到干性评分模块,即可找到。左侧还是癌种,并且这里新增TCGA、Target和ICGC三大数据库间的切换按钮。

分析方法有三种:热图、箱线图和相关性,每个功能输入框略有不同。

先看下热图方法的结果,图例说明可以在下方找到,当然这个图需要用AI调整下,这个我们后面再讲。

相关性和箱线图的结果没有太大变化,跟之前的基因表达和TMB/MSI所展示结果一致。

好了,今天就介绍到这里,想让自己的课题加点肿瘤干性分析,那就赶紧去试试吧

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