干性被定义为从起源细胞自我更新和分化的潜力,最初归因于正常干细胞,这些干细胞具有在成年生物体中产生所有细胞类型的能力,癌症干细胞 (CSC) 是具有与正常干细胞相关的特征的癌细胞,特别是具有产生所有肿瘤细胞类型的能力,CSCs 被认为负责肿瘤的生长和维持,通常对常规化疗和放疗具有抗性,并参与肿瘤转移和复发。肿瘤由相对分化的肿瘤细胞、CSC、浸润性免疫细胞、肿瘤相关成纤维细胞和内皮细胞等多种细胞类型组成的多样化、复杂、整合的生态系统组成。
临床生信之家新上线了一个工具,使用了以下Cell文章中提供的逻辑回归机器学习算法 (OCLR) ,基于样本的转录组,计算干性指数来评估样本的干性程度。

进入临床生信之家官网,找到干性评分模块,即可找到。左侧还是癌种,并且这里新增TCGA、Target和ICGC三大数据库间的切换按钮。

分析方法有三种:热图、箱线图和相关性,每个功能输入框略有不同。

先看下热图方法的结果,图例说明可以在下方找到,当然这个图需要用AI调整下,这个我们后面再讲。

相关性和箱线图的结果没有太大变化,跟之前的基因表达和TMB/MSI所展示结果一致。


好了,今天就介绍到这里,想让自己的课题加点肿瘤干性分析,那就赶紧去试试吧
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