查文献始终是科研人员头痛的一件事儿,一大堆英文文献,你可能看的泪流满面、抓耳挠腮。
某一天,导师扔给你一个研究对象,比如三阴性乳腺癌
1.让你尽快查下相关的信号通路和基因,有哪些?
2.这些基因和信号通路最近几年的研究热度又如何?
3.然后据此设计个课题
你会怎么办?查文献?太慢!问师姐?人家要约会啊。
别急,这个时候你需要一个叫“课题思路助手”的检索神器。
第一步:扔进你的关键词,中英文均可,比如就lu三阴性乳腺癌
![](http://k.sinaimg.cn/n/sinakd20240626s/616/w904h512/20240626/f78d-d3793e9841adcf6a6dc85c68631d1799.png/w700d1q75cms.jpg)
一键查询,系统告诉从文献中查出与三阴性乳腺癌相关的基因有366个,信号通路29个。
![](http://k.sinaimg.cn/n/sinakd20240626s/516/w990h326/20240626/a919-c4a9dda05a41a1af0a6f21d7bb5a0b3f.png/w700d1q75cms.jpg)
词云更直观的显示,相关基因中BRCA1和EGFR比较相关,信号通路和自噬,铁死亡等相关。其实这个时候你已经对这个疾病的研究方向有一定印象了。
咦,BRCA1可以理解,毕竟当年安吉丽娜朱莉切双乳就是因为BRCA1突变。但EGFR不是通常和肺癌有关么,带着这个疑问我们继续往下:
![](http://k.sinaimg.cn/n/sinakd20240626s/694/w1080h414/20240626/b6c5-7163dbd4c304adf5d85b8defdd5c24bb.png/w700d1q75cms.jpg)
点击基因的词云,进入到具体详情,结果页标注了每个基因的结果数。最高影响因子28.25,总影响因子达到192.53,左侧可以对年份,文本类型,影响因子进行筛选。
![](http://k.sinaimg.cn/n/sinakd20240626s/786/w994h592/20240626/b344-df9b85983cb305fcf7d9bda40020aced.png/w700d1q75cms.jpg)
选择刚才疑问的EGFR,点进去可以看到具体文献里的内容,浏览一下,可以得出结论,原来EGFR因其可通过JAK/STAT3信号通路促进三阴性乳腺癌,所以可以成为潜在的治疗靶点。点击语料来源即可到文献原文,点击期刊名即可查看期刊具体详情。
![](http://k.sinaimg.cn/n/sinakd20240626s/502/w934h368/20240626/72da-77606c85ecaa507e4a152cc977619bdb.png/w700d1q75cms.jpg)
通过时间轴的角度分析年度基因数目的变化,来鸟瞰其基因研究热度
![](http://k.sinaimg.cn/n/sinakd20240626s/655/w931h524/20240626/73c1-8b7cc9b935fe2ccb81cde1f5a9f0eced.png/w700d1q75cms.jpg)
从热图中可以观察某个基因在不同年份的热度,比如BRCA1和EGFR,STAT3都是近几年比较热的基因。
通过以上简单的分析,相信对三阴性乳腺癌的基因及其研究趋势,热点都有大致了解。
![](http://k.sinaimg.cn/n/sinakd20240626s/727/w1080h447/20240626/404e-8061ebb72715057488a4243404b6edf6.png/w700d1q75cms.jpg)
接下来看下和三阴性乳腺癌相关的信号通路,我们可以看到相关有铁死亡,焦亡,Wnt通路,mTOR通路,MAPK通路等点击右边的通路详情和参考文献可以直接连接到KEGG数据库的相关页面,非常方便。
![](http://k.sinaimg.cn/n/sinakd20240626s/7/w998h609/20240626/5b5f-2535adf47a1b422092d247e85bad5a93.png/w700d1q75cms.jpg)
比如点Wnt通路,进去后就可以看到具体文献内容。
回到今天的题目:如何一键在海量文献中寻找:基因A和基因B之间的关系?
是不是就很简单了呢?直接把其中一个基因扔进去就行呀!比如VEGF,瞬间得到相关基因2531个。
![](http://k.sinaimg.cn/n/sinakd20240626s/59/w1080h579/20240626/91a7-53f17bf05a571ab8e3f6d1d79128c3b4.png/w700d1q75cms.jpg)
比如STAT3:
![](http://k.sinaimg.cn/n/sinakd20240626s/50/w1080h570/20240626/241e-c66db88f271ba794c5726472e569afc8.png/w700d1q75cms.jpg)
总之,通过这个工具,我们可以高效率对某一个关键词,它可以是基因,可以是信号通路,也可以是某一个表型或病种,通过海量文献找到与其相关的基因和信号通路,或高效了解某一个陌生领域,或找基因、信号通路之间的相互关系。只要抓住基因和信号通路两条线,那课题就思路就不是难事。
比如我们通过检索发现,A功能可以由x基因高表达促进,同时A功能又可以由y通路的激活促进,那x和y大概率就是协同的,于是我们的课题就可以是x基因高表达激活y通路来促进A功能
摘要怎么写都想好了:
近年来,关于促进A功能的机制仍然不清,已知y通路是其关键通路,而x之前被发现可以促进A功能,但x是否通过y来促进及其具体促进机制尚不清楚,在这里,我们.....
Enjoy it!
![](http://k.sinaimg.cn/n/sinakd20240626s/775/w447h328/20240626/343f-4cb41305c06df53947c9c06b43435caa.png/w700d1q75cms.jpg)
工具可以在科研者之家首页上找到
http://www.home-for-researchers.com
“科研不停,神器不止!”
![](http://n.sinaimg.cn/finance/pc/cj/kandian/img/article_pic05.png)
4000520066 欢迎批评指正
All Rights Reserved 新浪公司 版权所有