电子商务是当前信息技术高速发展的综合结果，它对企业经营管理的影响就是现代信息技术对企业提出的新要求。在传统企业经营管理方式下，企业用手工处理信息，存在工作量大、速度慢、出错率高、资源浪费严重、效率低下等缺陷。在较为先进的基于管理信息系统（MIS）的经营管理方式下，计算机进入企业，并成功实现了对企业内部信息处理和管理、行政事务管理、生产管理、财务管理、人力资源管理、库存管理等管理信息系统的各个子系统在数据共享的基础上协调工作，大大提高了企业的管理效率。但仍然存在企业与外界之间以及企业与消费者之间有许多环节缺少相互联系的不足。在电子商务时代，上述缺陷与不足得到了克服与改变，整个情况发生了根本性的改变。
对于企业的管理信息系统来讲，在电子商务环境下，企业原有的内部MIS系统和EDI系统都必须集成到全球的公共网络中去，于是，企业内部的MIS变成了企业内部网Intranet，企业间的EDI系统及其他专线连接系统发展成为企业外部网Extranet。这样，企业的管理变成了Internet的方式，从任何一个部分都可以顺利地进入公共网络，而在公共网络的任何角落也都可以看到权限允许范围内的企业信息。
对于企业的组织结构来讲，电子商务以信息管理为主的特点从根本上打破了企业传统职能部门的组成与分工，使企业内部信息的传递方式由单向的“一对多方式”变成了双向的“多对多方式”。信息的“一对多方式”单向为主的传递方式使企业形成了“金字塔”式的垂直的集权制组织结构。而电子商务下双向“多对多方式”的信息传递方式则形成水平的组织结构形式，使企业的内部网、数据库、所有部门和其他各方都可以通过网络直接快捷地交流，组织结构逐步倾向于分布化和网络化。企业中间管理人员可以获得更多信息，加强他们在企业决策中的作用，从而提高整个企业的决策水平。
电子商务还对企业组织外部的行业结构产生了很大影响。由于全球电子商务系统的建立，使得大规模地组织跨国、跨地区、跨行业的商业活动成为可能，从而改变了传统商店的结构和布局。另外，电子商务的发展使以提供电子商务服务为目标的行业，如网络交易中心、电子商场、电子商务咨询服务、电子商务软件开发公司等成为社会上最热门的行业之一，这种行业能给企业和社会带来较好的经济效益，因而成为当今投资和就业的热点。
