没钱没药,也能做药敏分析?能!

没钱没药,也能做药敏分析?能!
2021年09月01日 20:00 弗雷赛斯-freescience

Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC),提供免费公开的肿瘤治疗基因组数据,致力于发现潜在的肿瘤治疗靶点以改善肿瘤治疗,是全球最大的同类型公共数据库。GDSC数据库基本上每年会有一个大版本的更新,目前最新版本是Release 8.3 (Oct 2020) ,数据统计可见,共收录518种药物,988个细胞系,以及446146组检测IC50值。

随便截一些药物,你是不是很熟悉呢哈

IC50,半抑制浓度,即凋亡细胞与全部细胞数之比等于50%时所对应的药物浓度。用来衡量药物诱导凋亡的能力,诱导能力越强,该数值越低。也反向说明某种细胞对药物的耐受程度。pRRophetic算法根据GDSC细胞系表达谱和TCGA基因表达谱构建岭回归模型预测药物IC50

我们平台IC50工具根据目前最大的公开药物基因组学数据库癌症药物敏感性基因组学 (GDSC),基于样本转录组数据通过pRRophetic算法预测每个样本的药物治疗反应。当前可分析2014和2016两个不同时间段GDSC所收录的药物信息,其中2014共收录138种药物,2016共收录251药物信息(由于二者使用表达数据有差异,所以同一种药物不同时间版本预测结果略有差异

这里我们提供两种结果展示形式:箱线图和相关性。箱线图即为不同样本间的IC50分布;相关性则为某个基因或模型评分与IC50的关系。

谍照篇:

目前GDSC已经收录500多种药物,但pRRophetic包目前停留在16年的251种药物,这里我们将药物增加到345种,例如ARRY-520。

好了,今天就介绍到这里,大家就赶紧去试试吧

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